La Asociación de Padres de la Escuela Europea de Múnich es una organización sin ánimo de lucro que tiene como objetivo el soporte y bienestar de sus alumnos. Su función no es comparable con aquella que cubren los representantes de padres en las escuelas nacionales, ya que se extiende además a campos fundamentales para el correcto devenir del centro, como son la organización de las actividades extra escolares, el comedor o los transportes.
La sección española de la Escuela Europea de Múnich comprende concretamente el grupo de educación infantil y los cursos de primero a quinto de primaria. En secundaria los alumnos se integran en la sección de su segunda lengua (L2) como SWALS (Students Without a Language Section).